Así que primero déjame decirte para quién es este curso. Este curso ha sido diseñado para personas que no son informáticas pero que necesitan aprender Python desde cero. Por lo tanto, no se esperan conocimientos previos de usted. Además, este escrito está orientado a tareas de programación para biología molecular, y le darán suficiente comprensión de la programación de Python.
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La siguiente figura revela los k-mers más frecuentes en la región ori de Vibrio cholerae . ¿Alguno de los recuentos en la figura parece sorprendentemente grande? Figura: Los k-mers más frecuentes en la región ori de Vibrio cholerae para k varían de 3 a 9, junto con el número de veces que ocurre cada k-mer.
Por ejemplo, el 9-mer " ATGATCAAG "aparece tres veces en la región ori de Vibrio cholerae , ¿es sorprendente? if Text[i:i+len(Pattern)] == Pattern: count = count+1 Antes de pensar en deslizar la ventana hacia abajo Texto, resolvamos el problema más simple de determinar si Modelo coincide con un k-mer de Texto. En una ventana fija En Python, el k-mer comienza en la posición . I de Texto se denota Texto [i: i + k]. Por ejemplo, siTexto = "GACCATACTG", luego Texto [4: 7] = "ATA". Python usa indexación basada en 0 , en la cual el primer símbolo de la cadena aparece en la posición 0 en lugar de 1; Como resultado, el texto termina en la posición len (Texto) -1, dónde len (texto) es el número de símbolos en Texto. En Python, el bloque sangrado
itera sobre todos los valores de yo entre 0 y n-1. (Esto se llama un ciclo for , y Codecademy pasará más tiempo en él más tarde, pero por ahora notamos que la variable I o puede ser lo que quieras) Por ejemplo, podríamos usar el siguiente código para imprimir todos los números pares entre 0 y 100, inclusive. Tenga en cuenta nuevamente que utilizamos rango (51) y no rango (50) porque rango (n) va de 0 a n-1. Operando bajo el supuesto de que el ADN es un lenguaje propio, tomemos prestado el método de Legrand y veamos si podemos encontrar algunas "palabras" sorprendentemente frecuentes dentro del ori de Vibrio cholerae .
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